به منظور پشتیبانی فکری و ارائه مشاوره به سیاست گذاران ، برنامه ریزان و تصمیم گیران از طریق فکر پژوهی و بکارگیری عقل و خرد جمعی در بررسی مسائل بخش کشاورزی و مرتفع کردن چالش های اساسی موجود ، اتاق فکر سازمان تشکیل گردید .

مهمترین ماموریت یا رسالت بنیادی این اتاق ، آینده نگاری بر اساس اراده (سناریو پردازی ) در حوزه کشاورزی با شیوه جمع اندیشی است .

اتاق فکر سازمان در مهر ماه ۱۳۸۵ با انتخاب دبیر به صورت پاره وقت « دو روز در هفته » شروع به کار کرد . از شهریور ۱۳۸۶ فعالیت اتاق فکر سازمان با تمام وقت شدن دبیر اتاق به صورت مستمر ادامه یافت .

اتاق فکر سازمان دارای ساختار پروژه ای و ماتریسی است . اما برای ایجاد هماهنگی و هدایت امور ، تشکیلاتی به صورت نمودار ذیل ایجاد شده است .